A főkegyuri jognak az autonómiához való viszonyát egyház jogi szempontból könnyű tisztázni. Az autonómia, ha hatáskörébe átengedtetik a főkegyuri jogok gyakorlása, csupán mint megbízott közeg működik. A jog csorbítatlanul a főkegyúrnál marad. A jog gyakorolásnál a főkegyurnak mindenkor módjában lesz szavát döntőleg fölemelni. A nehézséget a főkegyuri jog és az autonómia közötti viszony tisztázásában az alkotmányjogi szempont képezi, melytől eltekinteni nem szabad. A főkegyúr ugyanis egyúttal magyar alkotmányos fejedelem. Már most ebből a körülményből, sőt conditio sine qua non-ból nemcsak az következik, hogy a magyar király főkegyúri joga a magyar közjognak egy különleges részét képezi, hanem olyan helyzet áll a jogok terén élő, hogy ugyanaz a személy az apostoli király némely joggal két különböző, tudniillik egyházi és államhatalmi jogforrásból is rendelkezik, ugyanazon jogát tehát két jogcímen is gyakorolhatja. Ilyen jog például a katholikus alapítványok fölötti felügyeleti jog, mely a főkegyuri jogok egyikét képezi, de az úgynevezett államfői felségjogokban is bennfoglaltatik. Ebből azután természetesen könnyen támad a jogok természetének megítélésénél zavar s még azok is, kik nem sietnek minden jogot az államhatalom javára lefoglalni, sokszor helytelen itéleteket alkotnak.
Komplikálja a helyzetet az, hogy Magyarországon az egyház államegyház volt századokon keresztül s hogy a magyar állam és egyház élete szorosan összenőtt s együtt fejlődött. A főkegyuri jogok egy részének szálai annyira összefonódtak a minden feje delmet eo ipso megillető jogokkal...